Нет. Контракт заключается по цене, предложенной победителем, независимо от его системы налогообложения: уменьшать цену на сумму НДС или требовать «перерасчёт без НДС» заказчик не вправе. Участник на УСН получает полную цену контракта — просто без выделения НДС в документах.
Заявки всех участников сравниваются по предложенной цене без корректировок на налоговый режим. Условие документации «цена уменьшается на НДС для упрощенцев» неправомерно и обжалуется — эта позиция устойчиво подтверждается разъяснениями Минфина и практикой.
Нюанс исполнения: в актах и документах о приёмке упрощенец указывает «НДС не облагается». Если по ошибке выставить счёт-фактуру с выделенным НДС, налог придётся уплатить в бюджет — следите за формулировками в закрывающих документах.
Отдельная история — изменения налогового законодательства: при пересмотре ставок или порога УСН цена контракта автоматически не меняется, и договориться об изменении можно только в предусмотренных законом случаях. Актуальные разборы налоговых изменений для участников закупок мы держим в базе знаний.
Основание: Статья 34 44-ФЗ (контракт по цене победителя); разъяснения Минфина России
Ответ описывает общее правило. Документация конкретной закупки может добавлять требования — при сомнениях пришлите ссылку на процедуру, проверим бесплатно. Автор и проверка: Михаил Кремнёв.